Auf der Suche nach seinen verlorenen Gliedmaßen zieht Hyakkimaru mit seiner neuen Begleiterin Dororo durchs Land. Das Mädchen ist völlig fasziniert davon, wie der Junge trotz seines Handicaps sein Leben meistert. In einem kleinen Dorf treffen die beiden schließlich auf die mysteriöse Anführerin namens Bandai.